7 Temmuz 1937'de Lugou Köprüsü Olayı'nın ardından Japonlar Çin'i kapsamlı şekilde işgale başladılar. Çin'in eğitim kaynaklarını korumak için Çin'in kuzey kesimi ve sahil bölgelerinde yer alan birçok üniversite savaş ateşinin henüz yayılmadığı Çin'in güney kesimine çekilmeye başladı. Beijing Üniversitesi, Tsinghua Üniversitesi ve Nankai Üniversitesi Hunan eyaletinin merkezi Changsha kentine taşındı ve burada geçici bir okul kurdular. 13 Aralık 1937 tarihinde zamanının başkenti Nanjing'in Japonların ellerine düşmesinin ardından işgalciler, Yangtze nehri üzerinden ilerlemeye başladı. Bu ilerleme, geçici okulun bulunduğu Hengshan dağı ve Xiangshu nehrinin güvenliğini tehlikeye soktu. Bu nedenle geçici olarak kurulan okul, Nisan 1938'de Çin'in Yunnan eyaletinin merkezi Kunming kentine çekildi. Okulun adı Ulusal Güneybatı Birleşik Üniversitesi olarak değiştirildi.

4 Mayıs 1938 tarihinde Ulusal Güneybatı Birleşik Üniversitesi yeniden açıldı. Üniversitesinin idaresi, Beijing Üniversitesi Rektörü Jiang Menglin, Tsinghua Üniversitesi Rektörü Mei Yiqi ve Nankai Üniversite Rektörü Zhang Boling'den oluşan daimi komite tarafından yürütülüyordu. Güneybatı Birleşik Üniversitesi sürgünde bulunduğu için her bakımdan şartları son derece çetin ve kötüydü. Üniversitenin pek çok öğrencisi konaklamak için Kunming kentinin banliyösüne taşındı. Oturduğu evlerin çatısı otlardan yapılmıştı ve sıkça açlık sıkıntısı çekiyorlardı. Üniversitenin finansal problemleri de ağırdı. Bu nedenle üniversite yönetimi günlük harcamalarını karşılamak için çatısı çelikten yapılmış dershanelerin çelik çatı malzemelerini satmak zorunda kaldı. Buna rağmen öğretim görevlileri ve öğrenciler, bomba ve alarm sesleri altında araştırmalarına devam ettiler. Saldırganların bombardımanından korunmak için depolara sığınmak, öğrenciler için günlük yaşamın bir parçasını oluşturdu.

Ulusal Güneybatı Birleşik Üniversitesi Rektörü Mei Yiqi, "Bir üniversite sadece büyük binalardan ibaret değildir, üniversite demek büyük hocalara sahip olmak demektir" diyordu.

Ulusal Güneybatı Birleşik Üniversitesi'nde Feng Youlan, Zhuziqing, Luo Changpei, Luo Yong ve Wen Yiduo gibi birçok ünlü bilgin bulunuyordu. Beijing Üniversitesi, Tsinghua Üniversitesi ve Nankai Üniversitesi'nin atmosfer ve fikirlerini bir araya getiren birleşik üniversite, böylece birçok parlak zekâ yetiştirdi. Üniversite, doğal bilimler, sosyal bilimler ve hukuk alanında ülke çapında adından söz ettirdi.

Eğitim çalışmaları sürerken, Ulusal Güneybatı Birleşik Üniversitesi'nde öğrenim gören öğrenciler saldırganlara karşı kampanya düzenlemek için Qunshe ve Dongqing adlı birçok örgüt kurdu. Bu örgütler, 18 Eylül olayı ve Luguo Köprüsü olayı için düzenlenen anma etkinliklerinden faydalanarak saldırganlara karşı propaganda yaptı. Bazı öğrenciler yurtseverlik ve işgalcilere karşı savaşma hırsıyla, Çin ordusuna ve hava kuvvetlerine katıldılar, böylece zafere katkıda bulundular.

Ulusal Güneybatı Birleşik Üniversitesi Mayıs 1946'da misyonlarını tamamladı ve dağıldı. Saldırganlara karşı mücadelenin yürütüldüğü zorlu bir dönemde eğitime ara vermen bu okul, öğretim özgürlüğü, hoşgörü, demokrasi ilkeleri temelinde çalışmalarını yürüttü ve verimli sonuçlar elde etti. Ülkenin iç kesimlerine taşınan pek çok diğer üniversiteyi temsil eden Güneybatı Birleşik Üniversitesi, Japon saldırganlara karşı verilen mücadelede parlak bir sayfa yazdı.