Eski bir kitapta yazıldığına göre, çok eski geçmişe sahip olan akupunkturun en eski aleti, taştan yapılan iğneler olmuştur. Bu taş iğneler, yaklaşık 4000 ilâ 8000 yıl önceki Yeni Taş Devri'nde, yani Yu Soyu Topluluğu'nun son döneminde bulunmuş. Çin'de yapılan arkeoloji çalışmalarında da taş akupunktur iğnesi ele geçmiştir. Çin'in Chun ve Qiu hanedanlarında (M.Ö 770-476 yılları), tıp ile sihirin birbirinden ayrılmasından sonra, profesyonel hekimlik ortaya çıktı. "Chunke Zuoshizhuan" adlı eski bir kitapta, akupunkturun kullanım yöntemi anlatıldı.
Savaşan Oevletler Dönemi'nden Xihan Dönemi'ne kadar (M.Ö 476-25), metalurji teknolojisinin gelişmesi sayesinde, metal akunpuktur iğnesi de gittikçe yaygınlaştı. Metal iğnenin taş iğnenin yerine geçmesiyle akupunktur kullanımı artarken, gelişme süreci de hızlandı. Donghan ve Sanguo hanedanlarında, akupunkturu iyi bilen birçok tıp uzmanı ortaya çıktı. Bunlardan Huang Pumi'nin yazdığı "Akupunkturla İlgili A ve B Teorisi" adlı kitap, akupunkturu anlatan kapsamlı bir eserdir. Batı ve Doğu Jin ile Kuzey ve Güney Chao hanedanlarında (256-589), akunpukturla ilgili eserlerin sayısı belirgin bir şekilde çoğaldı. Bu dönemlerde akupunktur teknolojisi Japonya ve Kore'ye de yayıldı.
Sui ve Tang hanedanlarında (581-907), akunpuktur özel bir bilim oldu. O zamanların tıp eğitimi kuruluşu olan İmparatorluk Tıp Komisyonu'nda akupunktur eğitimiyle ilgili bir birim kuruldu. Bundan sonra, akupunktur bilimi sürekli gelişme kaydetti. 16. yüzyılda, akupunktur Avrupa'ya tanınmaya başladı. Ancak, Qing hanedanında yalnızca ilaç kullanımına önem verildiği ve akupunktur küçümsendiği için, akupunktur biliminin gelişmesi engellendi.
Çin Halk Cumhuriyeti'nin kurulduğu 1949 yılından sonra akupunktur bilimi hızla gelişme kaydetti. Şimdi, ülke genelinde 2 binden fazla geleneksel Çin hastanesinde akupunktur bölümü vardır. Akupunktur bilimine ilişkin araştırmalar, insan vücudunun çeşitli bölümleri ve fiziksel hastalıkların iyileştirilmesi, ağrı dindirme ve bağışıklık sisteminin güçlendirilmesi gibi alanlarda rol oynamaktadır. Damarlar, akupunktur noktaları ve iç organlar gibi konularla ilgili araştırmalarda, birçok değerli bilimsel bilgi elde edilmiştir.