Lionel Messi, ilk olarak 5 yaşındayken, antrenörlüğünü babasının yaptığı Grandoli kulübünde top oynamaya başladı. 1995 yılında buradan Newell's Old Boys takımına geçti. 11 yaşındayken doktorlar tarafından büyüme hormonu yetersizliği teşhisi konulmuşturdu. Bu yıllarda River Plate takımı Messi'yle ilgilense de oldukça yüksek olan tedavi masraflarını karşılayacak güçte olmadığı için vazgeçmek zorunda kaldı.
O dönemde Arjantin'de genç yıldızları araştıran Barcelona Kulübü'nin sportif direktörü Carles Rexach, Messi'nin doğal futbol yeteneğini fark etti ve tüm tedavi masraflarını karşılamak karşılığında Messi'ye İspanya'da Barcelona' nın altyapısında oynamasını teklif etti. Ailesi Lionel Messi'nin hayatında bir dönem noktası olan bu teklifi kabul etti ve İspanya'ya taşındı. Kısa bir süre sonra Lionel Messi Barcelona'nın B takımında 30 maçta 37 gol atarak ne kadar büyük bir yetenek olduğunu kanıtladı.
Messi'ye İspanya Milli Futbol Takımı'nda oynaması teklif edildi, ancak Messi bunu reddetti ve doğduğu ülkenin milli takımı için oynamak istediğini söyledi. Haziran 2004'te ilk kez bir dostluk maçında, Paraguay Milli Futbol Takımı'na karşı, Arjantin 20 Yaş Altı (U-20) Takımı formasını giydi.
2005 Haziran ayında Hollanda'da düzenlenen Dünya Gençler Futbol Şampiyona'sında Arjantin 20 Yaş Altı (U-20) Takımı'yla şampiyonluk sevincini yaşadı. Bu turnuvada attığı 6 golle turnuvanın en skorer oyuncusu olarak altın ayakkabı, en iyi oyuncu ve altın top ödüllerini aldı. Bu başarısından sonra 27 Haziran'da 150 milyon Avro karşılığında Barcelona ile 2010 yılına kadar sözleşme imzaladı.
İlk kez 4 Ağustos'ta Arjantin Milli Takımı teknik direktörü José Pekerman tarafından Arjantin Milli Takımı'na davet edildi. Milli takımdaki ilk resmi maçında Macaristan Milli Takımına karşı 63. dakikada oyuna giren Messi, girdikten 40 saniye sonra hakem Markus Merk tarafından rakibine dirsek attığı gerekçesiyle kırmızı kartla oyundan ihraç edildi. Gördüğü kırmızı kartın ardından Messi, sahayı ağlayarak terk etti. Daha sonra 3 Eylül'de Dünya Kupası Elemeleri'nde, Paraguay'a karşı, Arjantin Milli Takımı'nın 1-0 kaybettiği maçta son 8 dakika oyuna girerek ilk resmi maçını tamamladı.
25 Eylül 2005'te İspanyol vatandaşlığına kabul edilen Messi, artık La Liga'da bir İspanyol vatandaşı olarak Barcelona formasıyla mücadele edebilecekti. Zira Barcelona kulübünün Avrupa Birliği vatandaşı olmayan futbolcu kontenjanı dolmuştu ve Messi oynayamayacaktı. İlk Şampiyonlar Ligi maçını 27 Eylül 2005 tarihinde İtalya'nın Udinese takımına karşı oynadı. Aralık ayında İtalyan spor gazetesi Tuttosport tarafından Wayne Rooney, Lukas Podolski, ve Cristiano Ronaldo ile birlikte 2005 yılının en iyi 21 yaş altı genç oyuncusu seçildi.
Messi, daha sonra 2005-2006 sezonu boyunca La Liga'da ve Avrupa Şampiyonlar Ligi'nde Barcelona formasıyla gösterdiği performansla gerek Avrupa'daki futbolseverlerin gerekse Barcelona taraftarlarının sevgilisi haline geldi.
Hem La Liga'da Real Madrid takımına karşı oynadıkları maçta Dünya'nın en iyi defans oyuncusu olarak kabul edilen Fabio Cannavaro'ya karşı gösterdiği başarılı performans ve attığı çalımlarla, hem de Şampiyonlar Ligi'nde Chelsea takımına karşı oynadığı başarılı futboluyla ne kadar yetenekli ve gelecek vadeden bir oyuncu olduğunu tekrar kanıtladı. Aynı zamanda Şampiyonlar Ligi'nde eleme grubu son maçında Werder Bremen'e karşı 89. dakikada beraberlik golünü atarak takımının bir üst tura çıkmasında büyük rol oynadı. Bir ara bazı gazetelerde İtalya'nın İnter Milan kulübüne astronomik bir rakamla transfer olacağı söylentileri çıksa da resmi bir açıklama yapılmadı.
