Baggio, 1988 yılının Kasım ayında üstün performansı ile İtalya milli takımına seçilerek "Mavi Rüya"sına başladı. 1990 yılında İtalya'da düzenlenen Dünya Kupası'nın grup karşılaşmalarının son maçında İtalya milli takımı, Çek Cumhuriyeti ile karşılaştı. Salvatore Schillaci ile birlikte forvet oynayan Baggio, bu Dünya Kupası'nın "En İyi Golü"nü attı. Ancak o Dünya Kupası'nda Arjantinli kaleci Goycochea İtalya'nın kaderini belirledi ve İtalya, ev sahibi olmasına karşın finale bile yükselemedi.

    Juventus takımındaki dönemi Baggio'nun profesyonel kariyerinin zirvesiydi. Baggio, Juventus forması ile 1991 yılının Aralık ayında "Dünya Futbol Adamı" ve "Avrupa Altın Top" ödüllerini elde etti. "Küçük Dünya Kupası" olarak adlandırılan İtalya Ligi'nde attığı 17 gol de, Baggio'nun golcülüğünün göstergesiydi.

    Ancak, 1994 yılında ABD'de düzenlenen Dünya Kupası, Baggio için unutulmaz bir acıydı. Tek başına İtalya milli takımını finale taşıyan Baggio, penaltılara kalan final maçında en kritik penaltıyı kaçırdı ve Dünya Kupası'nı Brezilya'ya kaptırdı. Baggio'nun üzüntüsü, tüm dünyadaki futbol severleri derinden etkiledi.

    Baggio, 16 Mayıs 2004'te SanSiro Stadyumu'nda profesyonel kariyerindeki son maçını oynadı. Baggio, maçın 89. dakikasında sahadan ayrılırken, göz yaşlarına boğuldu. İtalya Ligi'nin bu son "Teknik Ustası"nı, rakip takımından Paolo Maldini kucakladı. Baggio, alkışlar arasında futbola veda etti.

    Baggio'nun futbol yaşamı mükemmel değildi. Ancak mükemmel olmaması, onun iyi futbolcu olmadığı anlamına gelmez. Baggio'nun eksikler içeren güzel futbolunun izleri, onu bir daha futbol sahasında göremeyecek olan futbol severlerin gönüllerinde daha nice yıllar kalacaktır.